阿瑞斯到達後的幾周內，伊西斯和雅努斯的生活幾乎回到了正軌。他們和從前一樣進行實驗，只不過現在阿瑞斯總在現場，從他們身後觀望著他們的一舉一動，雖然幾乎從不發言。雅努斯也很少說話，就算開口，他說的也只是關於手頭的任務的話題，而且對於他奉獻了一生的工作已經沒有了激情，一點也不熱心。業已得知她對自己的同胞做了什麼後又加上這樣的狀況，伊西斯墜入了黑暗的深淵中。每一天，每一刻，她都覺得登陸艦的牆壁會朝她倒下來，甚至這個他們永遠也無法離開的小世界也會塌到她身上。她感到自己陷入了困境，完全是孤獨一人。

她轉身時，經常發現阿瑞斯用冰冷的眼神盯著她。但阿瑞斯從不靠近她，也不和她說話。

一天，雅努斯外出考察時，阿瑞斯發訊息叫她過去。她勉強起身，傳送到復活方舟上。在她心底深處隱隱有個希望：他也許改變了主意，他也許會讓我去見萊克斯。她按照飛船的指引前往副靜滯艙。把萊克斯關在那裡，和主靜滯艙隔開，這很合理。她心中的希望又多了幾分。

門分開了，伊西斯驚得合不攏嘴，房間裡豎著十二根管子，排成一個半圓，每根裡都裝著一個人形生物，各不相同。

“只是想引起你的注意。我知道你很喜歡野蠻人。”

伊西斯轉過身：“你沒權力把他們抓到這裡。”

“他們處於危險中。事實上，多虧了你啊，他們現在是這個宇宙中受到的威脅最大的物種。銜尾蛇軍總有一天會把他們同化吸收掉。除非哨兵們先找到這個世界，把他們消滅掉。當然，這還得假設個前提，流放者們沒先找到我們——”

“你這樣說不對——”

“你不在場，伊西斯。你真該看看那些流放者的艦隊是怎麼蹂躪我們的母星的。他們是些野蠻人，有著驚人的力量但毫無自控能力的野蠻人。一群怪物——你的療法創造出的怪物。你的實驗的受害者，就像8472亞種一樣。”

“你想要我幹什麼？”

“我想要給你一個機會，伊西斯，一個為你自己贖罪的機會。”

見伊西斯沒說什麼，阿瑞斯繼續說道：“我們有個機會，能把所有的錯誤糾正，能讓我們的同胞重歸統一，也能拯救這些人。”

“怎麼做？”

“我們可以引導他們的進化。我們可以創造出能結束這場戰爭的東西。”

伊西斯非常想要抵制住他的誘惑，想要逃出房間，永不回頭，但糾正她犯下的錯誤的誘惑讓她無法抵禦。她決定自己要聽聽阿瑞斯的話，聽一下也沒壞處嘛。她平靜地說：“請繼續，我在聽著。”

“我已經採取了遺傳樣本，但我沒有創造我所需物種的工程技能。你有這個能力。而我有你需要的資訊——關於哨兵是如何用DNA鎖定目標，以及銜尾蛇病毒的資訊。自從大流亡以來，這些資訊我一直對我們的同胞保密。”房間對面盡頭牆上的螢幕上顯示出一個DNA序列。“這是大流亡之前被用在亞特蘭蒂斯探險艦隊上的銜尾蛇病毒，這是解決問題的關鍵。有了我的資訊，還有你在基因工程上的知識，我們能改變這個宇宙的局面。”阿瑞斯一步步逼近她，“我們創造的物種將會讓我們的人民復興。如果你拒絕，那你就真的是把我們徹底毀滅了。”

阿瑞斯似乎在操縱她，就像操作一件樂器，他知道樂器上的每個按鈕何在。他抓住了伊西斯會願意為此付出一切的東西：救贖。一個把他們的同胞重新團結在一起、讓流放者們重獲安全的機會。伊西斯對自己說，為了做好事，有些時候必須跟壞人合作。但在她內心深處，她在懷疑自己的行為是不是理性的。

接下來的幾年當中，伊西斯秘密和阿瑞斯一起工作。這一次的工作她又瞞著雅努斯，阿瑞斯正確地指出，他一定會反對這件事的。伊西斯知道阿瑞斯仍在隱瞞某些資訊，他告訴她的只有完成他需要的實驗所需的最低限度的資訊。他一再重複同樣的理由：哨兵和銜尾蛇相關的資訊是保密的，把相關的全部細節向伊西斯披露會損害無數個世界的安全。

伊西斯知道自己被利用了，但是她覺得自己無路可逃，別無選擇。年復一年，她更加無法對雅努斯坦白一切，她不能再背叛他了。

一次又一次的休眠週期。她每次退回到自己的休眠艙中時，都希望阿瑞斯能實現自己的諾言，希望下次醒來時會聽到阿瑞斯宣佈8472號亞種已經準備好了，宣佈亞特蘭蒂斯人即將重新統一。

這一次她醒來時聽到的仍然不是那個好訊息，而是一陣警報聲。在休眠艙外的螢幕上亮起了人口數警報。伊西斯看著顯示，意識到了阿瑞斯的背叛行為規模之大：在世界各地，人類的幾個亞種都瀕臨滅絕——三個亞種同時如此，但他的武器8472號亞種除外。

雅努斯即便發現了真相，也沒有說出來。他所做的正如伊西斯所想：匆忙前往拯救他能拯救的物種，8470號亞種——他們之後會被地球人稱為尼安德特人。阿爾法號登陸艦在海濱降落——這裡以後會被叫作直布羅陀。雅努斯和伊西斯著裝完畢，離開飛船，然後把最後一個還活著的尼安德特人帶了回去。

他們剛回到飛船，爆炸就襲來了。船身被爆炸撕成了兩半，雅努斯和伊西斯被震得跌跌撞撞。他們把那個尼安德特人放進一根休眠管中，朝著艦橋奔去。

“阿瑞斯背叛了我們。”雅努斯最後說。

伊西斯欲語不能。時間一秒秒過去，她覺得雅努斯已經明白了全部真相，但他什麼也沒對她說。他聚精會神地在控制檯上進行操作。他鎖死了登陸艦，然後啟用了他們的深空飛船上的反闖入程式，保證阿瑞斯一旦試圖利用它就會被困住。爆炸又一次讓船身晃動，把伊西斯甩到了牆上。她在昏昏沉沉中抬頭望去。雅努斯穿過房間，在她身邊跪倒，凝望著她的面容。透過他頭盔上透明的觀察窗，她能看到他臉上流露出了些微感情——痛苦，傷心，遭到背叛。伊西斯很想向他坦白，告訴他一切，請求他的原諒，但她什麼也沒說出來。雅努斯扛起了她，他宇航服中的外骨骼系統很輕鬆地撐起了她的重量。他在登陸艦的走道里飛奔，衝進了傳送門，進入了方舟中。伊西斯記憶中看到的最後一幕是阿瑞斯朝她開火了。她從雅努斯的雙臂中滑下，半途就已經被這一槍殺死了。

凱特渾身都被汗溼了，每一次呼吸都讓她感覺自己快被溺死了。現在她已經看完了所有的記憶——她與生俱來的那些，還有雅努斯試圖對她隱瞞的那些，而且她還知道這些之外的一些事。阿瑞斯那天在復活方舟裡也朝雅努斯開火了，但沒能殺掉他。雅努斯成功透過傳送門逃回了阿爾法號登陸艦上，飛船在直布羅陀海濱被破壞後，被深埋在了海底。雅努斯被困在了靠近摩洛哥的一部分殘骸中。他非常想要把他的搭檔在阿爾法號的另一部分上覆活，但由於沒有接收到她的死亡訊號，飛船拒絕執行命令。他努力了好多年，在靜滯艙上試用過無數的方法。

他最終放棄之後，給飛船上的時間膨脹裝置編制了指令，讓它放出會讓阿瑞斯和伊西斯做出的基因變動發生倒卷的輻射。他希望這能讓人類的基因組恢復到不受哨兵、流放者或者阿瑞斯威脅的狀況。

然後雅努斯一直在等待。登陸艦被埋藏了一萬三千年，直到一個叫作伊麻裡國際的團體開始在直布羅陀灣海底進行發掘。他們希望找到柏拉圖的寓言中描述的城市——亞特蘭蒂斯。他們僱傭了一個在第一次世界大戰中受傷退役的名叫帕特里克·皮爾斯的礦山工程師。他的隊伍接觸到了時間膨脹裝置——他們後來管它叫作“鍾”——之後，它釋放出了一場傳染病，西班牙大流感，殺死了數以百萬計的人。皮爾斯把他垂死的妻子放進了一根他發現的管子裡，然後她肚子裡的胎兒在1978年誕生到這個世上。他給孩子起名凱特·華納。在之後的三十五年中，直到亞特蘭蒂斯瘟疫最終暴發之前，伊西斯的某些記憶一直潛藏在她心中。那些她潛意識中的記憶碎片驅動著她的一生。她成了一名遺傳學家，專注於研究腦部神經連線方式，全身心地投入到創造一種治療認知能力異常的療法的工作中。她這一生都在試圖修正亞特蘭蒂斯基因，試圖完成伊西斯的工作，滿足她糾正自己的錯誤的願望。現在凱特終於有了完成這一工作所需要的知識。

她睜開了雙眼。

她感覺得到自己身下冰冷的玻璃缸底，還有米羅摟著她肩膀的雙臂。血從她的鼻子裡滴出來，匯入下面的血泊。

“你受傷了，凱特醫生。”

“沒關係。我知道我們該怎麼做了。”